La ville de Châteaudun possédait sept paroisses : Saint-Aignan, Saint-Jean-de-la-Chaîne, Saint-Lubin, La Madeleine, Saint-Médard, Saint-Pierre et Saint-Valérien. Au xiiie siècle, il existait une huitième paroisse : Saint-Aubin.

Églises remarquables :

L'église Saint-Valérien

L'église de la Madeleine

L'église Saint-Jean-de-la-Chaîne

L'église Saint-Lubin. Située à proximité de l'entrée du château, elle a été fondée au vie siècle par l'évêque Aventin. Actuellement en état de ruine, les fouilles effectuées dans les années 1980 ont révélé que l'église avait été construite sur des remblais de l'époque gallo-romaine. Il s'agit de l'édifice religieux le plus ancien de la ville intra-muros.

Chapelle Notre-Dame-du-Champdé. Édifiée en 1519, il subsiste une partie du mur de la façade flamboyante, formant aujourd'hui le portail d'entrée du cimetière.

Commanderie du Temple Notre-Dame-de-la-Boissière, ancienne chapelle du xiiie siècle appartenant aux Templiers qui y entretenaient un hôpital pour les pèlerins des Croisades.