Construit au xie siècle puis reconstruit au xiiie siècle, il est abandonné par les moines à la Révolution française et vendu comme bien national. Le prieuré abrite depuis 1972 l'écomusée du Perche.

La date d'installation d'une communauté de moines est incertaine et remonterait à l'an 1006. D'abord rattaché au monastère Saint-Florentin de Bonneval, le prieuré est donné à l'abbaye Saint-Père-en-Vallée de Chartres en 1061 puis transmis à l'abbaye de Saint-Denis en France.

En février 1255, l'archevêque de Rouen, Eudes Rigaud, visite le prieuré et constate que le logis et le couvent sont découverts et que les moines se sont écartés de leur règle.

À la fin du xiiie siècle, le prieuré connaît un renouveau. L'église est reconstruite dans le style gothique et un clocher lui est ajouté à la renaissance.

Au xviie siècle et xviiie siècle, le prieuré s'occupe de l'éducation d'enfants de familles aisées, comme de nombreux établissements religieux du Perche à cette époque. Lorsqu'arrive la Révolution, la communauté est cependant moribonde et rien ne s'oppose à la vente du prieuré comme bien national.

Le 9 juin 1791, les bâtiments sont acquis par Monsieur Brion de Saint-Cyr, officier de la cour des monnaies, qui les revend en 1825 aux Thibault, gérants du domaine depuis le xviiie siècle. Le prieuré est transformé en ferme, l'église sert de grange et les bâtiments souffrent du manque d'entretien.

Totalement abandonné depuis une cinquantaine d'année, le prieuré est remis en état pendant la seconde guerre mondiale et redevient lieu de pèlerinage. En 1972, le prieuré accueille le nouveau musée des Arts et traditions populaires, devenu l'écomusée du Perche. L'église, le logis du prieur et les bâtiments conventuels sont classés au titre des monuments historiques le 28 avril 1980, et l'église est restaurée en 1985.